发酵是利用微生物的代谢活动，通过生物催化剂将食品中的有机物转化成特殊风味的产品的过程。自古以来，人们利用微生物进行食品保藏，并获得了比原来更为理想的风味、色泽、结构和营养价值。发酵的神奇作用在于微生物可以分解食品中的蛋白质、多糖类大分子，并且把不易消化的纤维素和半纤维素分解为易于消化的成分，特别是霉菌，能将食品中的细胞壁分解，释放出更多的营养物质，提高发酵食品的营养价值。
酵母菌被用来生产醇厚浓郁的美酒。绍兴黄酒的原料是大米，而小麦是黄酒生产的重要辅料——用来制备麦曲。冬天的江南气候绵长而不剧烈，适宜酵母菌的生长。酿酒师傅将大米糖化，接上菌种，便把它交给了时间，经过漫长的发酵过程，酒味越来越醇香，绵长而厚重。
霉菌被用来生产毛豆腐和浓厚淳香的酱油及豆酱。酱油的生产原料含有蛋白质和淀粉，原料经过润水、蒸煮、接种米曲霉制成曲，然后在大缸中发酵，经过阳光的暴晒，激发菌种的活力，酱醅制成后进行过滤，滤液便成为餐桌上的酱油。制酱的过程，是微生物互相制约、此消彼长的过程。淀粉首先经米曲霉等的作用转化为糖，糖再经曲霉、酵母和细菌所产生的酶的作用而产生多种物质，如乙醇、有机酸、醛等。乙醇与有机酸结合产生酯，生成香味，糖及其分解产物与氨基酸结合产生褐色的物质。可以说，酱油是多种微生物作用形成的一种色香味俱全的调味食品，在人类发酵史上独树一帜！徽州的毛豆腐经过用特殊的酸水点卤后，接上毛霉菌，在温润的环境中自然发酵，产生长长的白色的绒毛，美味的毛豆腐就此诞生。
乳酸菌用来生产酸菜。东北的猪肉酸菜粉条是冬天的美食，冬天，用组织紧密、质地脆嫩、肉质肥厚而不软化的新鲜白菜作为酸菜的原料，利用乳酸菌在低浓度的盐溶液中进行乳酸发酵。酸菜在发酵过程中一般经过三个阶段：初期发酵、中期发酵和发酵末期，在微生物此消彼长的复杂过程之后，白菜获得了重生，变成令人愉悦的酸菜。
出自中国微生物菌种查询网 来源人民网