生物菌肥根据其作用不同，可分为以下5类：
1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
几种常见的菌肥及其作用
1、枯草芽孢杆菌：增加作物抗逆性、固氮。
2、巨大芽孢杆菌：解磷(磷细菌)，具有很好的降解土壤中有机磷的功效。
3、胶冻样芽孢杆菌：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
4、地衣芽孢杆菌：抗病、杀灭有害菌，
5、苏云金芽孢杆菌：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
6、侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属，
7、胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
8、泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
9、菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
10、棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
11、光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
12、凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
13、米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
14、淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。